Proč jihoafrická varianta vyvolává neklid?

Nová varianta koronaviru, která dostala název B.1.1.529 a je také označována patnáctým písmenem řecké abecedy omikron, vzbuzuje obavy. Světová zdravotnická organizace ji v pátek zařadila mezi „znepokojivé varianty“ viru. Znepokojení vyvolává zejména velkým počtem mutací spike proteinu.

Spike protein (také S protein) je bílkovina vyskytující se na povrchu viru SARS-CoV-2. Právě proti ní jsou zaměřeny mRNA vakcíny proti covidu, včetně očkovací látky Comirnaty od firem Pfizer a Biontech, která je nejrozšířenější v Česku.

Omikron obsahuje na 50 mutací původní varianty viru, který se objevil před dvěma lety v čínském Wu-chanu, 32 z nich je ve spike proteinu. Pro srovnání – delta má těchto mutací 12 a je čtyřikrát nakažlivější než wuchanský virus.

„Čím větší počet mutací ve spike proteinu, tím větší nebezpečí, že virus prolomí imunitu získanou očkováním, ale i nemocí,“ řekl v ČT24 virolog Pavel Plevka z vědeckého centra Ceitec při Masarykové univerzitě v Brně.

Penny Mooreová, viroložka z Univerzity Witwatersrand v jihoafrickém Johannesburgu, odhaduje, že omikron bude infekčnější nejméně pětkrát. Mutace této varianty označila za „velmi nezvyklé“.

⚠️My god—the new #B11259 variant being possibly ~500% more competitively infectious is the most staggering stat yet. Also, #NuVariant has more than >2x the number of bad spike mutations than Delta. Here’s an updated

Model by @JPWeiland matches up with graph by @jburnmurdoch pic.twitter.com/SFvFEbD7QO

— Eric Feigl-Ding (@DrEricDing) November 26, 2021

„Máme z počítačového modelování náznaky, že varianta by se mohla vyhnout imunitě udělené složkou imunitního systému zvanou T-buňky (druh bílých krvinek, které jsou základem buněčné imunity). Proto se dá předpokládat, že pro novou variantu může být snazší překonat imunitu,“ cituje Mooreovou magazín Nature.

Nahlíženo ze střední Evropy, hlavní obava spojovaná s omikronem se týká náporu nových pacientů s covidem v nemocnicích. Výzkumníci v Jižní Africe budou také zkoumat, zda B.1.1.529 způsobuje onemocnění, které je závažnější, nebo mírnější než jiné varianty.

Kombinace vyšší infekčnosti a horšího průběhu by byla před zimní sezónou děsivou zvěstí.

Kde se varianta objevila a kde se šíří?

Varianta omikron se rozšířila zejména v lidnaté jihoafrické provincii Gauteng, kde leží hlavní město Johannesburg. Stala se tam dominantní na školách a mezi mladými lidmi.

Na jihu Afriky ji poprvé zaznamenali 12. listopadu. To však neznamená,  že se tam neobjevila už dřív, anebo že se nezrodila někde jinde.

V Gautengu je proočkována pouze čtvrtina populace. V oblasti je vysoký počet lidí infikovaných virem HIV, který vyvolává nemoc AIDS. A právě u takto nemocného člověka se nová varianta mohla vyvinout. Nemocní AIDS mají sníženou imunitu, virus v nich může dlouho přežívat, a přitom zkoušet nové a nové mutace.

Reprodukční číslo, vyjadřující rychlost šíření epidemie, dosáhlo u této varianty v Guatengu čísla 2. V Česku je teď jeho hodnota 1,26.

Kromě Jihoafrické republiky se případy nákazy variantou omikron zatím prokázaly v Botswaně, Hongkongu, Izraeli a v Belgii.

Kdy budeme vědět víc?

Analýza varianty bude trvat týdny. Nebudou v ní však konečné výsledky.

Tento obrazek zachycuje klicove mutace ve spike proteinu varianty Omicron s vysvetlenim jejich potencialni funkce. pic.twitter.com/NEu4d6nnT2

— Zdenek Hel (@HelZdenek) November 27, 2021

„Varianta nás překvapila, je to velký skok v evoluci, má mnohem víc mutací, než jsme si mohli představit,“ cituje agentura Reuters jihoafrického vědce Tulia de Oliveiru, který je členem týmu Světové zdravotnické organizace pro covid.

Viroložka Penny Mooreová, jejíž tým variantu analyzuje, doufá, že první výsledky budou do čtrnácti dnů. „Pracujeme na tom warpovou rychlostí,“ ujišťuje.

Opravdu bude hůř?

Shrnutí by se dalo vyjádřit názvem ztřeštěného francouzského filmu Jacquese Besnarda Situace je vážná, nikoli však zoufalá.

Varianta omikron může být nakažlivější, odolnější vůči vakcínám a může vyvolávat i horší formu covidu. Ale také nemusí. Některé mutace mohou virus oslabit. O účinnosti změn rozhoduje koktejl mutací, tedy jejich kombinace, a to, jak na sebe působí. Právě to teď vědci v laboratorním prostředí na buněčných kulturách analyzují. 

Je možné, že i tato varianta, obdobně jako drtivá většina těch, které se už objevily, zanedlouho zmizí ze světa - třeba jako varianta C.1.2, která se v létě zrodila na jihu Afriky. Nebyla však natolik zdatná, aby překonala deltu

Třeba bude konec příběhu varianty omikron právě takový. Spoléhat se na to však nedá.

Výsledek může být přesně opačný. Virolog z Cambridgeské univerzity Ravindra Gupta na otázku, jak se dál bude vyvíjet koronavirus, v ČT24 řekl: „Myslím, že vznikne nějaká supervarianta. Ta pravděpodobnost je podle mě větší než 50 procent.“

Nelze vyloučit, že takovou supervariantou bude právě omikron.