Mnoho lidí trpí nepříjemnými symptomy po konzumaci lepku, ale jen části z nich jde skutečně o celiakii. Odlišnosti jsou zásadní: zatímco celiakie je autoimunitní choroba poškozující střevo, glutenová intolerance (NCGS) nevede k trvalému poškození a imunitní reakce je odlišná. Přesto oba stavy mohou způsobit podobné příznaky – a právě to vede k chaosu v diagnóze i léčbě.