Vědci se trochu 'sekli': Genový editor CRISPR nechtěné mutace nakonec nezpůsobuje

- Technologie autor: Ladislav Loukota

Loni v květnu zatajil svět genetiky dech - objevila se totiž studie, podle níž vykazuje genový editor CRISPR daleko vyšší míru vedlejších účinků, než se do té doby myslelo. CRISPR je přitom opěvován jako potenciální "zázračný" nástroj medicín budoucnosti, který při editaci DNA oplývá doslova chirurgickou přesností. Za deset měsíců je vše jinak. Nikdo nebyl totiž s to replikací někdejší studie prokázat, že by CRISPR skutečně byl podobně chybový, a to včetně jejích původních autorů.

Genový editor CRISPR nechtěné mutace nakonec nezpůsobuje

Genový editor CRISPR nechtěné mutace nakonec nezpůsobuje,zdroj: Profimedia.cz

CRISPR je tu s námi již od roku 2012 a za uplynulých šest let dovedl změnit svět experimentální medicíny. Nástroj schopný zacílit na nejmenší genové jednotky a vystřihnout či zaměnit je, je využívám jak ke studiu fungování organismů, tak i medicíně.

S pomocí CRISPRu tak vědci experimentálně mohou eliminovat dědičné choroby, léčit rakovinu, vnést do naší DNA nové informace, nebo třeba zvýšit efektivitu GMO plodin a organismů. S trochou nadsázky lze říct, že zatímco genetická modifikace 90. let se podobala střílení šipek na terč v silně podnapilém stavu, CRISPR naopak umisťuje šipku do černého pod mikroskopem.

Nežádoucí mutace

Tedy, alespoň jsme si to do loňského roku mysleli. Tým ze Stanfordovy univerzity totiž přinesl studii, podle níž CRISPR způsobuje svými zásahy do DNA mnohonásobně víc nežádoucích, tzv. "off-target" mutací, než tvrdily předešlé výzkumy. Při editaci DNA myší při léčbě slepoty vědci tehdy zjistili, že zásah do genomu způsobil víc než 1500 jednonukleotidových a 100 větších neplánovaných změn v DNA. Ačkoliv na menší sekundární mutace docházet může, nic ze změn v takové míře tehdejší modely chování editoru nepředpokládaly.

Genetici se začali ošívat - nejenže zpráva ze Stanfordu zpochybňovala přesnost CRISPRu, ale také tehdejších modelů. Během června se přesto začaly objevovat stále výraznější pochyby nad metodikou stanfordského týmu.

Čínský genetik Xiaolin Wu v debatované práci odhalil nejen nesprávné identifikovanou genealogii pokusných myší, ale i špatné názvosloví. Svou roli ve špatných výsledcích mohl hrát také malý studovaný vzorek - vědci závěry postavili jenom na srovnání "kontrolní myši" vs. dvou editovaných myší, které byly navíc sourozenci (!) editovaní ve raně embryonální fázi. To vše vrhalo na fatální závěry značné pochybnosti.

Odvolám, co jsem přivolal

Nejde o to, že by CRISPR nemohl být chybový, nebyl by to první "zázračný" vynález, z něhož musel svět vědy vystřízlivět z nadšení - je-li však podobné tvrzení postavené na vzorku dvou kusů, je to zkrátka příliš malý důkaz. S tím nakonec souhlasí i původní autoři stanfordské studie - vydali totiž novou práci, v níž své někdejší tvrzení korigují.

Ve snaze rozšířit původní limitovaný vzorek myší, nově vědci pro kontrolu sekvencovali DNA dvou dalších myších linií s podobnými postupy jako loni. Výsledek srovnání genomu nakonec jejich loňské závěry nepotvrdil. 

Jinými slovy, CRISPR je ve skutečnosti bezpečný, na nežádoucí off-target mutace při sledování více vzorků již nedošlo. Pravděpodobně na ně nedošlo ani před rokem, jenom si tým spletl běžné variace kvůli využití sourozeneckých myší a špatně interpretoval své závěry...

Může to působit chaoticky, právě tahle ale procesy vědy fungují: tým vydá závěry, a pokud k nim vznese pochybnosti příliš mnoho fundovaných hlasů, studie je replikována a často vzhledem k jiným závěrům přehodnocena. Ačkoliv technicky vzato v tomto případě nejde o stažení původní studie, ale jenom její "rozšíření" a "úpravu", není překvapivé, že v součtu je efekt stejný.

Je rovněž možné, že časem na původní stažení práce stejně dojde - již nyní stanfordští vědci k replikaci své studie přistoupili poté, co je editoři vědeckého periodika, kde původní práce vyšla, informovali o svých pochybách nad jejich metodikou.

Je přesto nasnadě, že ruka už je pro mnohé v rukávu. Mnozí konspirační teoretikové budou retrakci zjištění jistě brát nikoliv jako důkaz chybné metodiky, ale naopak jako "důkaz" šarády zatajující negativní vlivy nové technologie. Nebylo by to poprvé, nemlich stejný proces ve formě první (později vyvrácené a stažené) studie, dal život i hnutí spojujícího očkování a autismus. Pokud k tomu dojde, bude zajímavé si vzpomenout, jak přesně na vznik nového mýtu došlo - a že pramenil čistě ze sebekorigujících se procesů vědecké metody.

Závěry byly publikovány v bioRxiv.

Tagy: genetika věda a poznání

Zdroje: vlastní